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Il laboratorio di Bioinformatica Traslazionale ha sede a Palermo ed ha come obiettivo quello di rendere disponibile nuova conoscenza clinica a partire sia dai cosiddetti dati omici (genomici,trascrittomici,preteomoci), che da quelli biomedici mediante gli strumenti propri dell’ingegneria dell’informazione ed in particolare quelli dell’intelligenza artificiale, della gestione ed organizzazione della conoscenza, e dell’apprendimento automatico.

Il laboratorio attualmente vede impegnati 8 tra ricercatori e tecnologi strutturati, di cui il 50% a tempo determinato, e 1 unità di personale conforma di contratto flessibile. Collaborano con il laboratorio anche professori universitari e ricercatori di altre istituzioni.

La Bioinformatica Traslazionale è un settore emergente dell’informatica medica, in cui è cruciale il trasferimento delle scoperte e delle innovazioni tecnologiche dai laboratori alla pratica clinica; è per questo motivo che il laboratorio lavora a stretto contatto con numerose istituzioni cliniche italiane ed estere. Tra queste il noto centro trapianti ISMETT, l’Ospedale Civico di Palermo e King’s College di Londra.

Il laboratorio di Bioinformatica Traslazionale sviluppa ricerca per identificare, a livello molecolare, sia le componenti chiavi, come microRNA (miRNA), RNA messaggeri (mRNA), proteine, composti molecolari sia le loro interazioni spesso responsabili dello sviluppo di patologie ad elevato impatto socio-economico e sanitario. La ricerca si concentra sulla progettazione ed implementazione di algoritmi di classificazione e di clustering basati su differenti paradigmi computazionali, come le reti neurali auto-organizzanti, il deep learning, i probabilistic topic models. Attualmente il laboratorio è impegnato a riprogettare i classici metodi di deep learning per settore della bioinformatica.

I campi di applicazione del laboratorio riguardano gli aspetti diagnostici e prognostici di patologie tumorali e cronico degenerative e la cosiddetta “Medicina personalizzata”.
Inoltre, il laboratorio produce strumenti software prototipali avanzati per la gestione della conoscenza e l’analisi dei dati. In particolare, una importante attività di ricerca e sviluppo riguarda i database NoSQL a grafo, utilizzati per l’integrazione di basi di dati eterogenee e come fondamento per la realizzazione di strumenti per l’interrogazione e l’analisi di dati biologici finalizzati alla soluzione di problemi in ambito bioinformatico.

  • Istituto di Bioimmagini e Fisiologia Molecolare – CNR
  • Istituto di Tecnologie Biomediche – CNR
  • Istituto di Biomedicina Immunologia Molecolare “A. Monroy” – CNR
  • Istituto per l’Ambiente Marino Costiero – CNR
  • Istituto di Tecnologie Didattiche – CNR
  • Dipartimento di Ingegneria Chimica, Gestionale, Informatica, Meccanica – Università degli Studi di Palermo
  • Dipartimento di Matematica e Informatica – Università degli Studi di Palermo
  • Dipartimento di Fisica e Chimica – Università degli Studi di Palermo
  • UPMC Italy
  • Fondazione Ri.Med.
  • Dipartimento di Oncologia Sperimentale – Azienda Ospedale Civico Palermo
  • University of Reading (UK): School of Systems Engineering
  • University College Dublino: School of Computer Science & Informatics
  • Liverpool John Moores University: School of Computing & Mathematical Sciences
  • Cornell University (USA): Weill Cornell Medical College
  • Houston Methodist Research Institute
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